La Patagonia chilena es una zona privilegiada; alrededor del 50% de su superficie terrestre está protegida bajo las figuras de Parques Nacionales, Reservas Nacionales y Monumentos Naturales. Estas figuras protegen más de 13.7 millones de hectáreas, las cuales representan un 87% de la superficie del Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas del Estado (Snaspe) a nivel nacional.
Además, estas figuras incluyen importantes porciones de aguas costero-marinas, las que abarcan 6,3 millones de hectáreas, correspondientes al 31 % de su superficie total.
Por otra parte, existen otras figuras de protección en la Patagonia, como son las Áreas Marinas
Costeras Protegidas de Múltiples Usos (AMCPMU), Parques Marinos (PM), Reservas Marinas (RM), Santuarios de la Naturaleza (SN) y Bienes Nacionales Protegidos (BNP), cuya protección comprende más de 15 millones de hectáreas marinas y 272 mil hectáreas terrestres (MMA, 2021; MBP, 2021). Así, el sistema de archipiélagos patagónicos cuenta con una superficie aproximada
de 35.776.176 de hectáreas bajo alguna figura de protección con bases legales. De esta cantidad, el 61 % corresponde a superficie marina y el 39 % corresponde a superficie terrestre.